سلبيات استعمال الكلور هو تفاعل الكلورة لمركبات عضوية:

سلبيات استعمال الكلور هو تفاعل الكلورة لمركبات عضوية  :

R-C-CH3                                         R-C-O + CH3Cl

هذه التفاعلات غير مرغوب فيها.

يتفاعل الكلور مع الامونيا لانتاج كلورو امين مركبات تحوي كلور, نيتروجين وهيدروجين. هذه المركبات تسمى "مركبات كلور فعالة". وعملية التعقيم لهذه المركبات بطيئة أكثر من الكلور الحر الفعال.

لاستعمال كلوروامين يوجد ايجابيات اكثر من استعمال الكلور: تعتبر مواد معقمة لطيفة اكثر من الكلور, ولهذا وبالرغم من ان زمن التعقيم أطول بكثير ففي نهاية العملية لا يوجد نواتج عضوية مرفقة غير مرغوب فيها. بالاضافة فان الكلورو امين لا يوجد لها طعم ولا رائحة.

التعقيم بواسطة الاوزون O3

في مدن عديدة في اوروبا يستعملون الاوزون في تعقيم مياه الشرب. الاوزون يتفكك وينتج اكسجين راديكالي, حسب التفاعل التالي:

O3                                       O2 + O.

حتى نعقم مياه الشرب التي تصل الى البيوت نحتاج الى كميات صغيرة أكثر من الاوزون مقابل الكلور. فضلا عن ذلك فالاوزون ناجح اكثر من الكلور. سلبيات الوزون هو تكلفته العالية والحقيقة بان الوزون يتفكك بسرعة ولهذا فانه عندما يترك الماء الانبوب فانه معرض لتلوثات الجراثيم, ولهذا فان المياه المعقمة بالوزون تترك جهاز التعقيم, يضاف اليها كمية صغيرة من الكلور.

التعقيم بواسطة الاشعة الفوق بنفسجية ( UV)

هذه الاشعة تصيب الجراثيم وتدمرها .التعقيم بواسطة الاشعة الفوق بنفسجية سريع, بدون مواد مرافقة, كما انه يوفر عندما يستعمل لكمية مياه صغيرة, مثل مياه  الاستعمال البيتي. كما هو الامر في التعقيم بواسطة الاوزون, عندما تترك المياه جهاز التعقيم, فانها معرضة للتلويث ولهذا يضاف اليها كمية صغيرة من الكلور.